유명한 그의 책 " 종의 기원"의 제목에도 불구하고 다아윈은 생물 다양성의 진짜 문제를 해결하는 데는 실패하였다. 왜 한 서식지에 있는 식물과 동물들이 서로 구별되며 중복되지 않는 그룹으로 나뉘는가? 그의 실패는 그가 종을 서로 교배되지 않는 군(group)으로 보는 안목이 없었고 종의 기원이 상호 간의 교배 가능한 장벽의 기원임을 인식하지 못하였기 때문임이 널리 알려져 있다. 다아윈은 종을 단지 상당히 진화된 형태적 변이체로 간주했기 때문에 계통(lineages)내에서의 적응 (adaptation)을 새로운 계통의 기원(origin)과 혼동하고 있었다. 비록 이들이 서로 연관이 되어 있기는 하지만 전자가 있으면 자동적으로 후자가 만들어지는 것은 아니다. 어떻게 휘파람새의 한 종이 그 서식지에 적응하게 되었는 가를 이해한다고 해서 왜 뚜렷이 다른 4종의 휘파람새가 숲의 한 지역에서 같이 살고 있는 지를 설명하지 못한다.
한가지 해답은 베잇슨(Bateson)과 골드쉬밋(Goldschmidt)같은 유전학자들이 제시하였다. 이들은 종의 문제가 생물 간의 틈 (gap)을 설명한다고 하며 문제점을 정확히 간파하고 있다. 그러나 이들은 또한 이들 틈들이 큰 형태적 변화를 일으키는 하나의 돌연변이 때문이라고 주장하는 잘못을 저질렀다. 이러한 생각들은 이 돌연변이를 고정시키는 확신있는 시나리오가 없다는 문제점과 종들 간에는 유전자 하나만 다른 것이 아니라 많은 유전자가 다르다는 사실이 밝혀지면서 무너졌다. 다아윈 이후 많은 세월 동안 종의 기원은 진화에서 가장 중요한 미해결 문제였다. 현대의 총합론(synthesis)을 주장하는 수학적 진화론자들은 이 문제에 대하여 이야기 꺼리가 없고 그들이 한 대부분의 연구는 잘못된 것이다. 종분화에 대한 현대이론들은 언스트 메이어(Ernst Mayr)와 티오도시어스 도브잔스키 (Theodosius Dobzhansky) 그리고 그들의 두 고전적인 저서인 “유전학과 종의 기원” (Genetics and origin of species: Dobzhansky 1937)과 “분류학과 종의 기원” (Systematics and the origin of species: Mayr 1942)에서 파생된 것이다.
(다음에 계속)